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Rでのヒートマップの生成に関する提案が必要ですheatmap.2。ヒートマップを生成するための 15,616 行と 27 列の遺伝子発現値のマトリックスがあります。問題は、私が使用しているコードがヒートマップを作成していることですが、マトリックスのサイズが大きいため視覚化がうまくいきません。では、このような巨大なマトリックスから適切なヒートマップを取得する方法について提案をいただけますか? ヒートマップを生成するために使用しているコマンドと受け取った警告を添付しています。誰かが適切なヒートマップを生成するために寸法を調整するのを手伝ってくれると助かります.

color <- colorpanel(100,low="blue",mid="white",high="red")

heatmap.2(data4,Rowv="none",col=color,trace='none',
        density.info="none",scale="row",labRow=NULL,
        lmat=rbind( c(0, 3), c(2,1), c(0,4) ), lhei=c(1.5, 4, 2 ))

警告メッセージ:

heatmap.2(data4, Rowv = "none", col = color, trace = "none", : 不一致: Rowv は FALSE ですが、樹形図は「列」です。行の樹形図を省略しています。

カラーキーパネルを小さくしてヒートマップを適切に視覚化し、私の条件である列で画像をより明確にし、画像を生成しているときと同じように少し右にシフトすることについて提案があるとよいでしょう。左。私はフォーラムに不慣れで、その権限を持っていないため、ヒートマップの画像をアップロードできません。ヒートマップの生成中にマトリックスの適切な値を判断できません。

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あなたの質問は、詳細な回答を得るには少し漠然としていますが、ここで役立つことがいくつかあります。

  1. 色。通常、midポイントはゼロにする必要があります。したがって、おそらく次のようなことを試してみてください。

    breaks = c(seq(min(data4), 0, length.out=128), 
           seq(0, max(data4), length.out=128))
heatmap.2(..., col=bluered(255), breaks=breaks,...)

  2. マトリックスが大きすぎます - 小さくしてください。通常、ヒートマップには「差次的に発現する遺伝子」のみが表示されます。上位 50 個程度の遺伝子を選択してプロットします。

于 2013-05-07T14:03:13.257 に答える