AptanaSubversiveSVNプラグインからチェックアウトしたバージョンを保持するフォルダーがあります。Eclipseからチェックアウトされたコピーが存在する別のフォルダーがあります。AptanaとEclipseの両方が同じリポジトリを使用しています。リポジトリは同じですが、2つの異なる作業フォルダを使用しています。Eclipseを使用してリポジトリ内の同じファイルのセットを操作することもあれば、Aptanaを使用することもあります。
2つの作業フォルダを自動的に同期できるツールが必要です。無料のツールはありますか？
実際、SVNはまさにそれを行うためのツールです。SVNと戦うと、問題が発生します。両方の作業コピーが同じリビジョンに更新されていない可能性があるため、マージツールは非表示の.svnフォルダーなどを台無しにします。
これらの2つの作業コピーを手動で同期する必要があるのはなぜだと思いますか？中途半端なものをチェックインし続けるため、他の人の作業を中断することなく両方を同時に作業したい場合は、ブランチでの作業を検討してください。そうすることで、2つの作業コピーの同期を維持するように設計されたSVNを利用します。何をしていても終わったら、そのブランチをトランク（または作業していたブランチ）にマージして破棄します。
このすべてのチェックインによってリポジトリが大きくなりすぎると思われる場合は、より大きなディスクを入手して保存してください。あなたまたはそのツールが手動のマージを台無しにした最初のとき、それは報われたでしょう。実際の作業を行わずにSVNのリビジョン数を増やすことを恐れている場合は、把握してください。
AraxisMergeには自動マージがあります。