コマンドを使用してラップトップ（Ubuntu 12.04）にRNetCDFパッケージをインストールしようとしています
install.packages('RNetCDF',lib='/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/',configure.args="--with-netcdf-include='/home/my_computer/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/' --with-netcdf-lib='/home/my_computer/local/bin' --with-hdf5-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-udunits-include='/usr/local/lib/' --with-udunits-lib='/usr/local/lib/'",repos='http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/')
しかし、パッケージはインストールされません。以下のメッセージを参照してください。
trying URL 'http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/src/contrib/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 70301 bytes (68 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 68 Kb
* installing *source* package ‘RNetCDF’ ...
** package ‘RNetCDF’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking for nc_open in -lnetcdf... yes
checking for utInit in -ludunits2... no
checking for utScan in -ludunits2... yes
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking netcdf.h usability... yes
checking netcdf.h presence... yes
checking for netcdf.h... yes
checking udunits.h usability... yes
checking udunits.h presence... yes
checking for udunits.h... yes
configure: creating ./config.status
config.status: creating R/load.R
config.status: creating src/Makevars
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -I/usr/local/lib/ -I/home/bauduinm/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/ -fpic -O3 -pipe -g -c RNetCDF.c -o RNetCDF.o
gcc -std=gnu99 -shared -o RNetCDF.so RNetCDF.o -ludunits2 -lnetcdf -L/home/my_computer/local/lib/ -L/usr/local/lib/ -L/home/my_computer/local/bin -lexpat -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF/libs
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices ...
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF /libs/RNetCDF.so':
libexpat.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF’
The downloaded packages are in
‘/tmp/Rtmpl5MniY/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("RNetCDF", lib = "/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/", :
installation of package ‘RNetCDF’ had non-zero exit status
私が試してみると
sudo R CMD INSTALL --libary='/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/' --configure-args="--with-netcdf-include='/home/my_computer/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/' --with-netcdf-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-hdf5-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-udunits-include=/usr/local/lib/ --with-udunits-lib=/usr/local/lib/" /home/my_computer/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz
エラーメッセージは次のように置き換えられます
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/RNetCDF/libs/RNetCDF.so':
libnetcdf.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory
libnetcdf.so.7 は間違いなく/home/my_computer/local/lib/私のLD_LIBRARY_PATH. 確かに、最初のエラー メッセージ (と) のファイルの 1 つである libexpat.so.0 は、install.packagesnetcdf ライブラリとは何の関係もないように見える intel 関連のフォルダーにあります。
誰でも私を啓発できますか？
ありがとう。
編集：ええと、3日後にまったく同じコマンドラインで再試行したときに、パッケージがまったく問題なくインストールされたため、何が起こったのかわかりinstall.packagesません...同じ問題を抱えている可能性のある人への私の唯一のアドバイスは、ログに記録することですR から出て、セッションの以前の間違いがログに残っている場合に備えて、もう一度開始します。