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PDB ファイルから原子間の距離を計算したいと思います。PDBファイルに対してこの計算を行うにはどうすればよいですか?

ATOM      1  N   GLY A  23     -10.507   5.621  25.325  1.00 60.45           N  
ATOM      2  CA  GLY A  23      -9.475   4.636  25.745  1.00 56.55           C
ATOM      3  C   GLY A  23      -8.714   4.045  24.571  1.00 58.66           C
ATOM      4  O   GLY A  23      -8.526   2.829  24.498  1.00 60.74           O 
ATOM      5  N   GLN A  24      -8.275   4.899  23.651  1.00 52.00           N 
ATOM      6  CA  GLN A  24      -7.532   4.446  22.482  1.00 45.40           C 
ATOM      7  C   GLN A  24      -6.089   4.139  22.865  1.00 39.62           C  
ATOM      8  O   GLN A  24      -5.617   4.536  23.928  1.00 35.50           O  
ATOM     14  N   ARG A  25      -5.391   3.428  21.991  1.00 37.97           N 
ATOM     15  CA  ARG A  25      -4.003   3.065  22.237  1.00 37.23           C
ATOM     16  C   ARG A  25      -3.133   4.276  22.555  1.00 36.13           C 
ATOM     17  O   ARG A  25      -2.441   4.293  23.571  1.00 31.46           O
  • column2 - 原子番号
  • column3 - アトム名
  • column4 - 残基名
  • column5 - チェーン ID
  • column6 - 残基番号
  • column7 - X 座標
  • column8 - Y 座標
  • column9 - Z 座標

distance = sqrt((x1-x2)^2+(y1-y2)^2+(z1-z2)^2)

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PDB ファイルを自分で解析することは控えてください。awkPDB ファイルには、ツールが適していない多くの不規則性があります。代わりに、既に実装されているパーサーを使用して、構造を意味のあるオブジェクトに解析する必要があります。

私はバイオパイソンが好きです。構造と相互作用する方法の詳細についてはチュートリアルを参照する必要がありますが、これは 2 つの原子間の距離を取得するための非常に基本的な方法です。この-演算子は原子距離を返すようにオーバーライドされていることに注意してください (座標や距離式を扱う必要はありません!)。

from Bio import PDB

parser = PDB.PDBParser()

# Parse the PDB file into a meaningful structure object
pdb_path = "/path/to/files/1abc.pdb"
pdb_id = "1abc"
struct = parser.get_struct(pdb_id, pdb_path)

# Get two atoms to compare by navigating the SMRCA structure
chain_a = struct[0]["A"]
res1 = chain_a[26]
res2 = chain_a[23]
atom1 = res1["C"] 
atom2 = res2["C"]

print "Distance: %d" % (atom1 - atom2)

どの原子の距離を計算したいのか、私には少しわかりませんが、残基名に基づいて比較したい場合は、オブジェクトのresnameフィールド(例: ) を見ることができます。PDB.Residueres1

近くのアトムを探すこともできますBio.PDB.NeighborSearch(これは kd ツリーの実装です)。

于 2013-05-11T16:12:26.657 に答える