次のグラフがあるとしましょう。
そして、最初の行の2番目のグラフのみを選択したいです。以下のようにggplot関数でこれを行うにはどうすればよいですか:
plotAll<-function(data,size=2, alpha=0.4){
combs <- expand.grid(names(data), names(data))
out <- do.call(rbind, apply(combs, 1, function(x) {
tt <- data[, x]; names(tt) <- c("V1", "V2")
tt <- cbind(tt, id1 = x[1], id2 = x[2])
}))
library(plyr)
df.text=ddply(out[out$id1==out$id2,],.(id1,id2),summarise,
pos=max(V1)-(max(V1)-min(V1))/2)
out[out$id1==out$id2,c("V1","V2")]<-NA
out$labels <- rownames(out)
out$labels<-sapply(out$labels, function(x){
strsplit(x, "_")[[1]][1]
})
fam<-read.table('input/genomic_info_subset.tsv', sep='\t')
idx<-match(out$labels,fam$V1)
newcol<-fam$V4[idx]
newcol<-as.character(newcol)
out$fam<-newcol
ggplot(data = out, aes(x = V2, y = V1)) +
geom_text(data = out[!is.na(out$V1),], aes(label = labels, colour=fam), size=size, alpha=alpha) +
facet_grid(id1 ~ id2,scales="fixed")+
geom_text(data=df.text,aes(pos,pos,label=id1)) + geom_abline( slope=1 ) +
ggtitle("Corralation between measured & calculated affinities") +
ylab("") + xlab("") + theme(panel.grid.minor.x=element_blank(), panel.grid.major.x=element_blank())
}
コードのどこかで、1 行目の 2 行目だけを選択してください。それとも、関数からデータ フレームを抽出するだけで、プロット 1 を分離するよりも簡単ですか? この関数が私の質問を再現するのに不適切であることはわかっています。これが本当に必要な場合は、.tsv を提供してデータを出力します。