0

テキスト マイニング用の R パッケージを作成しています。パッケージに関数を追加して、KEGG からパスウェイのリストを取得したいと考えています。wikipathways から経路を取得できますが、KEGG から取得できません。NBCI2R などのパッケージを使用せずに KEGG からパスを取得する方法を教えてください。独自の関数を作成したいので、助けてください。

ありがとうございました

4

1 に答える 1

2

この回答に進む前に、http://www.kegg.jp/kegg/legal.htmlを読むことを強くお勧めします。KEGG は教育目的でのみ無料で使用でき、サービス用の API/ライブラリを提供するには適切なライセンスが必要です。したがって、そのようなライセンスが必要なftp://ftp.genome.jp/への非匿名アクセスが必要になる可能性が最も高いでしょう。

ただし、実際の質問に関しては、http://www.kegg.jp/kegg-bin/download_htext?htext=br08901.keg&format=htextの下にすべての経路のフラット ファイルがあります。ダウンロードして解析するだけです：

lines <- readLines(
  "http://www.kegg.jp/kegg-bin/download_htext?htext=br08901.keg&format=htext" )
pathways <- do.call(
   rbind,
   str_split( grep( "^[ABCD]\\s+\\d{5}\\s+.*?$", lines, value=TRUE ), "\\s{2,}" )
)
pathways <- as.data.frame( pathways )[-1]
colnames( pathways )  <- c( "ID", "Name" )

head(pathways)

     ID                                         Name
1 01100                           Metabolic pathways
2 01110        Biosynthesis of secondary metabolites
3 01120 Microbial metabolism in diverse environments
4 00010                 Glycolysis / Gluconeogenesis
5 00020                    Citrate cycle (TCA cycle)
6 00030                    Pentose phosphate pathway

これは、商業目的以外でのみ行うこともできることに注意してください。ただし、著作権は、ブラウザ以外のソフトウェアが非商用目的で Web サイトにアクセスできるかどうかを規定していません。そのため、彼らに連絡せずにこれを広範に試してはいけません。

于 2013-05-17T10:00:36.587 に答える