Jekyll は、生成されたサイトがルート ディレクトリから提供されることを想定しており、その後、すべてのリンクは "/" で始まる絶対リンクです。サブディレクトリ、つまり からブログを提供したいと考えていhttp://www.example.com/~user/blog
ます。
permalink
変数 ( http://jekyllrb.com/docs/permalinks/ ) を設定すると、部分的な修正になりますが、css ファイルなどの他の問題には対応していません。
参考になれば幸いです。