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問題があります。いくつかの遺伝子発現データで PCA プロットを実行しようとすると、以下のコードを使用してプロットしますが、組織が属するカテゴリに応じて異なる色を作成したいと考えています。

data <- read.table("rmaFinal.txt", row.names=1, sep="\t",header=TRUE, dec=".")
pca <- prcomp(t(data), cor=TRUE)
plot(pca$x, pch=20)

私のデータは次のようにフォーマットされています

      Tissue1 tissue2 tissue3
Gene1 1        2       3
Gene2 2        3       4
Gene3 3        4       5

私は合計 116 の異なる組織を持っており、それらはすべて合計 12 のカテゴリに分類できます。したがって、116 の組織タイプのそれぞれのカテゴリを含む、このようなリストがあります。

category = c( "Seed","Seed","Seed","Stem","Seed","Seed","Seed","Mesocotyl","Spikelets")

特定のサンプルが存在する 12 のカテゴリのいずれかに応じて、PCA プロットに色を付けたいと考えています。カテゴリ リストを PCA プロットと組み合わせるにはどうすればよいですか?

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このようなことをしようとしていますか？

library(FactoMineR)
iris.pca <- PCA(iris, quali.sup=5)
plot(iris.pca, habillage = 5, 
     col.hab = c("green", "blue", "red"), 
     title = "Dataset projected onto PC1-2 Subspace")

ここに画像の説明を入力

ヒント: http://benmabey.com/presentations/pca-tutorial/#34

于 2013-05-20T22:46:29.077 に答える