//perl スクリプトの開始
os.system('./start.pl')
// コマンドを使用し、o/p をファイルにリダイレクトする
os.system('make > ファイル')
私はPythonの初心者です。
perlスクリプト(start.pl)を実行するたびに、新しいサブプロセスが作成され、シェルが新しいサブシェルに入り、pythonスクリプトの残りの行が入力されなくなります。
シェルが新しいサブシェルに入った後でも、他のコマンドを実行できるようにしてください。