ドキュメンテーションでは、Doctrine 2 エンティティでのウェイクアップとクローンの実装を保証することについて数回警告しています。
http://docs.doctrine-project.org/en/latest/cookbook/implementing-wakeup-or-clone.html
ただし、理由はわかりません...DoctrineのEntity Managerとそれが維持する可能性のあるメモリ内キャッシュを台無しにしないことに関係があると思いますが、（巨大な）コードベースにざっと飛び込むだけではそうではありませんユーザーリストをすばやく検索することもできませんでした。
Doctrine の内部構造に詳しい人なら誰でも、Doctrine 2 がエンティティに対して安全なウェイクアップとクローン メソッドを必要とする理由を正確に知っているでしょうか?