ということで、javafxpackagerでInnosetupを使っているので、「SetupIconFile」でissファイルにデスクトップアイコン(.ico)を指定します。
アプリケーション (Win7) をインストールした後、デスクトップのアイコンの端がぎざぎざになります。最初は自分のアイコンがおかしいのかと思ったのですが、アイコンを右クリックして iss ファイルで指定したファイルにアイコンを変更すると、輪郭がサクサクきれいになります。
したがって、Inno-Setupまたはjavafxpackagerのいずれかが私のアイコンに何かを行うと推測しています（あらゆる種類のサイズと多層のicoファイルで試しました）。issでアイコンを指定しているので、Inno-Setupと関係がある可能性が高いと思います。
何が間違っている可能性がありますか？
編集：「SetupIconFile」でアイコンを指定すると言いましたが、issファイルを正しく見ていませんでした。実際には：
[Files]
Source: "MyApp\MyApp.exe"; DestDir: "{app}"; Flags: ignoreversion
Source: "MyApp\*"; DestDir: "{app}"; Flags: ignoreversion recursesubdirs createallsubdirs
[Icons]
Name: "{group}\MyApp"; Filename: "{app}\MyApp.exe"; IconFilename: "{app}\MyApp.ico"; Check: returnTrue()
Name: "{userdesktop}\MyApp"; Filename: "{app}\MyApp.exe"; IconFilename: "{app}\MyApp.ico"; Check: returnTrue()