phyloclim で anc.clim 関数を使用しようとしていますが、修正方法がわからないエラーが発生しています。
私のワークスペースには 3 つの項目があります。etopo は、環境変数の 50 個のビンに対応する最初の列を持つ 50X14 の二重行列です。後続の各列には、分類群の名前が付けられています。
targetTree は、etopo の分類群に対応する先端ラベルを持つ 13 の分類群を含むクラス phylo のオブジェクトです (read.nexus を使用して MrBayes から .tre ファイルを読み込むことによって生成されます)。
prunedPosteriorTrees は、etopo の分類群に対応する先端ラベルを持つ 13 の分類群を持つ 1000 の系統樹を含むクラス multiphylo のオブジェクトです (read.nexus を使用して MrBayes から .t ファイルを読み取ることによって生成されます)。
ガイガーのtreedata関数を使用して、3つすべての分類群が一致することを確認しました。
これらのデータを使用して anc.clim を実装すると、次のようになります。
> climateReconstruction <- anc.clim(targetTree, posterior = prunedPosteriorTrees, pno = etopo, n = 2)
Error in noi(old, clades, monophyletic = TRUE) :
tips are not numbered consecutively. Type '?fixTips' for help.
?fixtips または ??fixTips と入力しても、ドキュメントが見つかりません。Web とパッケージのドキュメントも検索しましたが、役に立ちませんでした。誰もこのエラーの経験がありますか? 私は何をしますか？