ブランチ B にいると、ブランチ A と B の両方に存在するコミットを修正する必要があることに気付きました。
#!/bin/bash -eu
rm -rf 1
mkdir 1
cd 1
git init
echo 1 >1
git add .
git commit -am 1
echo 2 >2
git add .
git commit -am 2
echo 3 >3
git add .
git commit -am 3
git checkout -b B
echo 22 >2
git add .
git commit -am 2
git rebase -i HEAD~3 # fix second commit with fourth one, like this:
# pick 485dacc 2
# f 976dc2a 2
# pick d899817 3
git rebase master || true
echo 22 >2
git add .
git rebase --continue