"_"の前に一意のファイル名を取得し、それらのファイルのみをコピーしようとしています。以下はスクリプトですが、sed 
私のファイル名の例 - P2.D2.C00_21、P2.D2.C00_22
#!/bin/bash   
echo "Step 1"
names=$(ls ./Folder1 | sed 's//.*_//' | uniq)
echo "Step 2"    
for name in `echo $names`
do
    echo "Step 3"
    files=($(ls -v ./Folder1/${name}.* | xargs -n1 basename))
    echo "step 4"
    cp -f ./Folder1/${files[${#files[@]} - 1]} ./folder2
    echo "step 5"
done