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Python を使用して fasta ファイルを解析するための汎用パーサーを作成する必要があります。

形式は次のようになります。

>gi|348686675|gb|JH159151.1| Phytophthora sojae unplaced genomic scaffold PHYSOscaffold_1, whole genome shotgun sequence  
    TACGAGAATAATTTCTCATCATCCAGCTTTAACACAAAATTCGCA

>gi|348686675|gb|JH159151.1| Phytophthora sojae unplaced genomic scaffold PHYSOscaffold_2, whole genome shotgun sequence
CAGTTTTCGTTAAGAGAACTTAACATTTTCTTATGACGTAAATGA
AGTTTATATATAAATTTCCTTTTTATTGGA

>gi|348686675|gb|JH159151.1| Phytophthora sojae unplaced genomic scaffold PHYSOscaffold_3, whole genome shotgun sequence
GAACTTAACATTTTCTTATGACGTAAATGAAGTTTATATATAAATTTCCTTTTTATTGGA
TAATATGCCTATGCCGCATAATTTTTATATCTTTCTCCTAACAAAACATTCGCTTGTAAA

各タイトルとシーケンスを個別に取得し、作成した MySQL データベースに値を挿入する必要があります。

eg: title1 = PHYSOscaffold_1
    sequence2 = TACGAGAATAATTTCTCATCATCCAGCTTTAACACAAAATTCGCA
    title2 = PHYSOscaffold_2
    sequence1 = CAGTTTTCGTTAAGAGAACTTAACATTTTCTTATGACGTAAATGA AGTTTATATATAAATTTCCTTTTTATTGGA

など... これらの値を MySQL テーブルに挿入します。

私の解析の出力は次のようになります。

name1 \t sequence1 \t length_of_sequence \t a_count \t t_count \t g_count \t c_count

name2 \t sequence2 \t length_of_sequence \t a_count \t t_count \t g_count \t c_count

これまでのところ、次のような非常に基本的なスクリプトを作成しました。

infile = open("simple.fasta")
line = infile.readline()
if not line.startswith(">"):
raise TypeError("Not a FASTA file: %r" % line)
title = line
sequence_lines = []
while 1:
  line = infile.readline().rstrip()
  if line == "":
    break
  sequence_lines.append(line)

最初のシーケンスとタイトルのみを取得しています。

私は初心者で、専門家の助けが必要です。

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最初のタイトルとシーケンスのみを取得する理由は、各読み取り間の行が空白であるためです。だからあなたがするとき：

if line == "":
    break

最初のシーケンスの後に壊れます。readline() を使用すると、'' が返されるだけなので、ファイルの終わりを検出する方法はありません。

これは、問題に対する洗練されていない解決策です。

infile = open("simple.fasta")
# State variable so we can handle the start of the file properly
# There are probably much better ways to do this.
start = True

# Its much better to iterate over the lines than to use a while 1 loop.
for line in infile.readlines():
    if line.startswith(">"):
        if start:
            start = False
        else:
            # Each time we get here we have complete information for a read
            # You can then store that read in your database.
        sequence_lines = []
        title = line
    else:
        if start:
            raise TypeError("Not a FASTA file: %r" % line)
            start = FALSE
        sequence_lines.append(line)
于 2013-05-25T06:55:45.933 に答える