私はROMSモデリングに取り組んでいます。LinuxクラスターにOpenmpiをインストールしました。それに応じて LD_LIBRARY_PATH も調整しました。私は今、独特の問題に直面しています。
bash シェルから mpirun -np 4 ./oceanG ocean.in を指定すると、モデルが正常に実行されます。ただし、バッチ ファイルの同じコマンドでは、./oceanG を netcdff5.so にリンクできません。
次のエラーメッセージが表示されます。
./oceanG: 共有ライブラリの読み込み中にエラーが発生しました: libnetcdff.so.5: 共有オブジェクト ファイルを開けません: そのようなファイルまたはディレクトリはありません./oceanG: 共有ライブラリの読み込み中にエラーが発生しました: libnetcdff.so.5: 共有オブジェクト ファイルを開けません: いいえそのようなファイルまたはディレクトリ ./oceanG: 共有ライブラリのロード中にエラーが発生しました: libnetcdff.so.5: 共有オブジェクト ファイルを開けません: そのようなファイルまたはディレクトリはありません ./oceanG: 共有ライブラリのロード中にエラーが発生しました: libnetcdff.so.5: 共有を開けませんobject file: そのようなファイルまたはディレクトリはありません
私のPBSファイル彼は次のように
#!/bin/bash
#$ -N Upwelling_test
#$-l qname=long_4.q
#$ -cwd
#$ -pe mpich 4
LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/openmpi/lib:/opt/intel/netcdf4.1.3/lib:/opt/intel/Compiler/11.0/081/lib/intel64:
/opt/intel/openmpi/bin/mpirun -np 4 ./oceanG ocean.in
この奇妙な問題の解決策を探しています