Tomcat 7 に javabridge をインストールしましたが、URL (localhost:8080/JavaBridgeTemplate621/myscript.php) を入力している間、ブラウザでうまく動作します。コマンドラインでphpスクリプトを実行したいので試してみました
cd C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 7.0\bin //(tomcat 7.exe のパス) C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 7.0\bin> php C:\Program Files\Apache Software Foundation \Tomcat 7.0\webapps\JavaBridgeTemplate621\myscript.php
==>それは私を示しています:C:\プログラムを開くことができませんでした