arrays - バッシュ配列が機能しない

Question

私はバイオインフォマティクスにはかなり慣れていませんが、学ぶために最善を尽くしています。私は問題に直面しており、誰かが何をすべきかを知っていて、複数ファイルの bash ツールが実際にどのように機能しているかを説明してくれることを望んでいました。

160個のRNAseqライブラリを解凍したフォルダがあり、name.fastq. cutadaptそれらすべてで同時に（ライブラリからすべてのアダプターシーケンスを削除するソフトウェア）を実行したい。そのため、1 つのライブラリの場合、コマンドは次のようになります。

python2.6 /imports/home/w/workshop/oibc2013/oibc1/Apps/cutadapt-1.2.1/bin/cutadapt -a name_adapter input_file.fastq > out

それで、私が持っている160個のファイルすべてでそれを実行できるようにbash配列ループを作成しようとしましたが、それでも機能しません。

!/bin/bash

. $HOME/.bashrc
my_array=(*.fastq)
echo ${myarray["SGE_TASK_ID"-1]}
python2.6 \
  /imports/home/w/workshop/oibc2013/oibc1/Apps/cutadapt-1.2.1/bin/cutadapt \
  -a CTGTCTCTTATACACATCT \
  -b AATTGCAGTGGTATCAACGCAGAGCGGCCGC \
  -b GCGGCCGCTCTGCGTTGATACCACTGCAATT \
  -b AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGG \
  -b CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTT \
  inputs.$SGE_TASK_ID \
  results.$SGE_TASK_ID]}