このサイトや他の場所で、Oracle JDK7 がインストールされている場合、JDK が正しくインストールされている場合はjfxrt.jar へのクラスパスを指定する必要がないことを示すいくつかの質問を読みました。残念ながら、私のインストールは正しくないようですが、何が問題なのかわかりません。
Red Hat Enterprise Linux 6.2 サーバーに適切な RPM を使用し、外部 Jar に jfxrt.jar を追加すると、Eclipse で JavaFX アプリをビルドできます。しかし、コマンドラインからコンパイルして実行しようとすると、javac と java に -cp オプションを指定しない限り、JavaFX クラスが見つかりません。サーバーはもともとopenjdk-1.6を使用していましたが、代替手段を使用して、新しくインストールされたJDKを指すようにjavacとjavaを構成しました。この問題を除いて、それはうまく機能しているようです。
JavaFX Exporter を実行しようとしたときに、同じ問題に悩まされていることがわかりました。Eclipse で正常に動作するプロジェクトをエクスポートしようとしていました。しかし、実行しようとすると JavaFX クラスが見つかりませんでした。また、jfxrt.jar ファイルがどこにあるかをエクスポーターに伝える方法も考えていません。
参考までに、jfxrt.jar は私のシステムの /usr/java/jdk1.7.0_21/jre/lib/jfxtr.jar にあります。