それは私には正しく聞こえません。複数のアプリケーションでまったく同じワークフローを使用しましたが、問題なく動作します。ほとんどの場合、ビルド後の手順に問題があります。BINファイルではなく、OBJフォルダー内のEXEファイルに署名してください(ClickOnceがすべてのファイルを取得する場所であるため)。
ClickOnce パブリッシュを実行し、OBJ フォルダーに移動して、application.exe ファイルを右クリックし、プロパティを選択します。6 つのタブがあり、最後のタブは「デジタル署名」です。

持っていない場合は、アプリケーションに適切に署名していません。
そして、これがビルド後のステップです。「RELEASE」構成のみに署名することに注意してください。
<Target Name="SignOutput" AfterTargets="CoreCompile" Condition="'$(ConfigurationName)'=='Release'">
<PropertyGroup>
<TimestampServerUrl>http://timestamp.verisign.com/scripts/timestamp.dll</TimestampServerUrl>
<ApplicationDescription>my app</ApplicationDescription>
<SigningCertificateCriteria>/n "my company."</SigningCertificateCriteria>
</PropertyGroup>
<ItemGroup>
<SignableFiles Include="$(ProjectDir)obj\$(ConfigurationName)\$(TargetName)$(TargetExt)" />
</ItemGroup>
<Exec Condition=" '$(ConfigurationName)'=='Release'" Command=""c:\Program Files (x86)\Windows Kits\8.0\bin\x64\signtool.exe" sign $(SigningCertificateCriteria) /d "$(ApplicationDescription)" /t "$(TimestampServerUrl)" "%(SignableFiles.Identity)"" />
</Target>