ご質問のとおり、IE で favicon.ico を表示できませんでした。(プロジェクトは Apache Tomcat 7.0 にデプロイされ、IE 10 でテストされています)
注: favicon.ico はプロジェクト フォルダー内にのみデプロイでき、それ以外の場所にはデプロイできません。「ROOT ディレクトリにデプロイする」や「Web サーバーにデプロイする」などの解決策は役に立ちません。
.jsp でアイコンを次のように宣言しました。
<link rel="icon" href="../images/favicon.ico" type="image/x-icon" >
<link rel="shortcut icon" href="../images/favicon.ico" type="image/x-icon" >
また、次のことを試しましたが、まだ機能しません。
<link rel="icon" href="../images/favicon.ico" type="image/x-icon" />
<link rel="shortcut icon" href="../images/favicon.ico" type="image/x-icon" />
<link rel="icon" href="../images/favicon.ico"/>
<link rel="shortcut icon" href="../images/favicon.ico"/>
いくつかのヘルプを閲覧した後、フィドラーを使用してリクエストが作成されたかどうかを判断することについてのフォーラムの言及を見ました。これが得られたものです。
# Result Protocol Host URL
41 302 HTTP 192.168.12.160:8080 /<project folder name>/images/favicon.ico
親切な魂がこれについて助けたりアドバイスしたりできれば幸いです... :)