Java Sound API は習得が容易ではありませんが、かなり低レベルで強力です。以前、.wav 入力、カスタムメイドの「クリップ」(メモリからサウンド ファイルを読み取る)、プロシージャル FM シンセシスを使用して、10 以上のトラックをミキシングしたことがあります。Java プログラマーとして中級のスキルと基本的な知識を持って書くことができたソフトウェアを使用しました。音について(ただし、工学の学位レベルの音に関する知識ではありません)。
入力波形を取り、それをバリスピード再生用に保存する 1 つの「おもちゃ」プログラムを除いて、複数の行を録音したり、録音したりすることはまったく試していません。.wav をアップロードするよりも複雑ではなかったので、あなたの質問に対する答えはわかりません。重要なツールとして TargetDataLine インターフェイスを検討する価値があると思います。
Java で書かれたさまざまなサウンド エンジンがあります。Java-Gaming.org ("nsigma") の寄稿者は、"Praxis" と呼ばれるメディア ツール/システムで優れた作業を行いました。ああ -- このリンクを見つけました:
http://neilcsmith.net/software
彼は Java-gaming.org の「サウンド」トピックに関する質問によく答えており、「JAudioLibs」(上記のページにリンクされています) について話しています。