私は実際に行ったことはありませんが、オンザフライの計測は Matlab IDE と JaCoCo で実行できるように思えます。
EclEmma は、特に Eclipse から何かを実行するためのものです。Matlab の場合、オンライン分析でも JaCoCo を単独で使用したい場合があります。Java Agentを使用することで、Matlab を組み込みの JVM にロードすることができます。これには、JaCoCo にロードjava.optsするオプションを含むカスタム ファイルを起動ディレクトリに指定します。リンク先のページで説明されています。-javaagent:...
動的なものではなく、Matlab の静的 Java クラスパスに Java クラスを貼り付けると、それらはカスタム Matlab の代わりに通常の Java システム クラス ローダーを介してロードされ、通常の Java コード カバレッジ ツールで利用できるはずです。これらのカスタム Matlab クラスローダーは、「動的な」Matlab Java クラスパス上のクラス専用です。これを行うには、設定javaclasspath.txtディレクトリまたは起動ディレクトリにカスタム ファイルを指定するか、ClassPath ハッカーツールを使用します。(詳細については、 「Java クラスを Matlab ワークスペースに取り込む」と、静的 vs 動的 Java クラスパス操作に関するこの他の質問を参照してください。)
また、JaCoCo が JVM にフックする方法によっては、おそらくカスタム Matlab クラスローダーを指すこともできます。これらは URL クラスローダーであり、Matlab セッション内から Java リフレクションを使用してそれらのオブジェクトを取得できます。JaCoCo ドキュメント (「ミッション」内) は、通常の呼び出しの代わりに JaCoCo API を使用すると、カスタム クラス ローダーを操作できるようになることを示唆しているようです。