ggplot2 で作成されたヒートマップの y 軸の並べ替えに関する Q&A をたくさん読んだので、さらに別の書き込みをするのは気分が悪くなりますが、私が望むものを達成できないようです。(これはおそらく、私が R に不慣れで、用語や仕組みを理解し始めたばかりだからです。) 事前に助けてくれてありがとう!
遺伝子濃縮分析用のヒートマップを生成しようとしています。データは次の形式の .csv ファイルとしてインポートされます: Gene Category Description Variable1 Variable2 Variable3. したがって、各行には遺伝子、遺伝子が属するカテゴリ (各カテゴリには複数の遺伝子があります)、遺伝子カテゴリの説明、各サンプルに関連付けられた数値 (3 列、各サンプルの値) がリストされます。
私がやりたいのは、遺伝子ごとに値をプロットしながら、y 軸をカテゴリごとに並べることです。（そして、これにラベルを付ける方法は素晴らしいでしょう！） 以下は、これまでのコードです.... Y軸をアルファベット順に並べているようです。
library(ggplot2)
library(reshape2)
GO_sum <- read.csv("~/R/FuncEnr/GO_sum.csv", header=T)
GO_sum.m <- melt(GO_sum, id = c("Gene", "Category", "Description"), na.rm = FALSE)
(GOplot <- ggplot(GO_sum.m, aes(variable, Gene)) +
geom_tile(aes(fill = value), colour = "white") +
scale_fill_gradient2(low = "darkred", high = "darkblue", guide="colorbar"))
ありがとうございました！
データの例を次に示します (コピーして貼り付け、.csv として保存)。
Gene Category Description s1 s2 s3
G0001 GO:0000036 acyl carrier activity -1.357472549 -1.357472549 -0.703587499
G0002 GO:0000103 sulfate assimilation 0 -0.761925294 -1.772268589
G0003 GO:0000104 succiNAte dehydrogeNAse activity -1.192800096 -1.192800096 -1.192800096
G0014 GO:0000160 two-component sigNAl transduction system (phosphorelay) 0 -1.772268589 -1.192800096
G0005 GO:0000287 magnesium ion binding -1.772268589 -1.772268589 -1.192800096
G0006 GO:0000287 magnesium ion binding -1.192800096 -1.192800096 -1.164082367
G0007 GO:0000287 magnesium ion binding -1.132072566 -1.772268589 -1.772268589
G0008 GO:0000287 magnesium ion binding -1.452170577 0 -1.192800096
G0009 GO:0000287 magnesium ion binding 0 -1.772268589 -1.192800096
G0083 GO:0003676 nucleic acid binding -1.192800096 -1.192800096 -1.772268589
G0044 GO:0003676 nucleic acid binding -0.587905946 -0.363837338 -0.843984355
G0045 GO:0003676 nucleic acid binding 0.212339083 0.212339083 0.276358685
G0046 GO:0003676 nucleic acid binding -0.374137972 -0.761925294 -0.761925294
G0147 GO:0003677 DNA binding 0 0 0
G0048 GO:0003677 DNA binding -1.192800096 0 -1.192800096
G0049 GO:0003677 DNA binding 0.530699113 -0.340270054 -0.485584696
G0050 GO:0003677 DNA binding -1.192800096 -0.374137972 -0.374137972