regex - R の 3 つの異なるフィールドを区別するための正規表現

Question

以下の 3 つのフィールドを区別するために R で正規表現を考え出すのに苦労しています

[C/T]GA, A[T/C]G, GA[G/A] 

基本的に、上記のコドンの各カテゴリ (1 位、2 位、3 位) に SNP がいくつ含まれるかを調べたいと考えています。

よろしくお願いします。

ウペンドラ

Answer 1

開口部のインデックスを見つけるだけで十分[ですか? それから

> x = c("[C/T]GA", "A[T/C]G", "GA[G/A]", "GAG")
> regexpr("[", x, fixed=TRUE)

1、2、3、または -1 を返します (見つからない場合)。

Answer 2

私はあなたが3つの異なるカテゴリを数えたいと思っていると思います:

codons <- paste0( sample(c("G", "C", "T", "A"), 1000, repl=TRUE), 
                    sample(c("G", "C", "T", "A"), 1000, repl=TRUE), 
                    sample(c("G", "C", "T", "A"), 1000, repl=TRUE) )

 ev1 <- length( grep("^[CT]GA", codons) ) 
       # number matching either CGA or TGA
 ev2 <- length( grep("^A[TC]G", codons) ) 
       # number matching either ATG or ACG 
 ev3 <- length( grep("^GA[GA] ", codons) ) 
       # number matching either GAG or GAA 

head(codons)

> (ev1 <- length( grep("^[CT]GA", codons) ) )
[1] 22
>  (ev2 <- length( grep("^A[TC]G", codons) ) )
[1] 26
>  (ev3 <- length( grep("^GA[GA]", codons) ) )
[1] 43