python - 同じ形状の複数の pytables 配列を追加する最速の方法

Question

tables.carray同じ形状 (300000x300000) の大きなデータ構造がいくつかあります。すべてのデータを追加して、マスター マトリックスに保存したいと考えています。

ここで、新しい carray を作成し、単純なループで埋めます。

shape = (300000,300000)
#... open all hdf5 files of the existing matrices and create a new one
matrix = h5f.createCArray( h5f.root, 'carray', atom, shape, filters=filters )

for i in range( shape[0] ):
  for j in range( shape[1] ):

    for m in single_matrices:

      # print 'reading', i,j,shape
      value = m[i, j]

      # print 'writing'
      matrix[i, j] += value

しかし、それは非常に遅いです (>12 時間)。より良い方法はありますか？