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これは標準的な話ですが、R のホーム ディレクトリを LyX のパスや Windows の PATH 環境変数に入れても、それは持続します。(cmd.exe を使用して、Rscript をどこからでも呼び出せることを確認しました。)
Lyx 2.0.6、R-3.0.1、knitr 1.2、Windows 7 SP1。