perl - perl による fasta ファイルのヘッダーの短縮 (減算) と空行の削除

Question

次のようなヘッダーを持つ fasta ファイルがあります。

>GL13245678
ABCDEDERFSE

>GL123456789
ABDFDRAGDTGEGAGFDAS

>GL1254367890
AFGHSRSGFGSHSFG

次のように、GL と 6 桁のみを含むようにヘッダーを変更し、各ヘッダーの上の空の行を削除します。

>GL132456
ABCDEDERFSE
>GL123456
ABDFDRAGDTGEGAGFDAS
>GL125436
AFGHSRSGFGSHSFG

誰でもこのための perl スクリプトを共有できますか? ありがとう

Answer 1

>GL と 6 桁の後のヘッダー ( で始まる行) から何かを削除します。

s/^>GL\d{6}\K.+//

空でない (空白のみの) 行のみを出力します。

print if /\S/

すべてを一緒に入れて：

perl -ne 's/^>GL\d{6}\K.+//; print if /\S/' file