私はプログラミング、Python、networkx(痛い!)が初めてで、4つのgraphmlファイルを1つにマージし、重複したノードを削除しようとしています。こちらの優れた手順に従ってください
ただし、比較するファイルが 2 つではなく 4 つある場合に、重複ノードを追跡する方法がわかりません。以下に記述したコードは機能しませんが、私の考えが間違っていることを理解して助けていただければ幸いです。
# script to merge one or more graphml files into one single graphml file
# First read graphml-files into Python and Networkx (duplicate variables as necessary)
A = nx.read_graphml("file1.graphml")
B = nx.read_graphml("file2.graphml")
C = nx.read_graphml("file3.graphml")
D = nx.read_graphml("file4.graphml")
# Create a new graph variable containing all the previous graphs
H = nx.union(A,B,C,D, rename=('1-','2-','3-','4-'))
# Check what nodes are in two or more of the original graphml-files
duplicate_nodes_a_b = [n for n in A if n in B]
duplicate_nodes_b_c = [n for n in B if n in C]
duplicate_nodes_c_d = [n for n in C if n in D]
all_duplicate_nodes = # How should I get this?
# remove duplicate nodes
for n in all_duplicate nodes:
n1='1-'+str(n)
n2='2-'+str(n)
n3='3-'+str(n)
n4='4-'+str(n)
H.add_edges_from([(n1,nbr)for nbr in H[n2]]) # How can I take care of duplicates_nodes_b_c, duplicates_nodes_c_d?
H.remove_node(n2)
# write the merged graphml files-variable into a new merged graphml file
nx.write.graphml(H, "merged_file.graphml", encoding="utf-8", prettyprint=True)