プログラムを初めて実行すると、ファイルが作成されます。しかし、while ループは乗り越えるのに長い時間がかかるようです。ファイルは今のところ空なので、ファイルの先頭にEOFがありませんか?
#include<stdio.h>
void main(){
FILE *p;
int b, a=0;b=0;
p=fopen("text.txt", "a+");
while((b=fscanf(p,"%d",&a)) != EOF)
printf("%d\n",a);
fseek(p, 0, SEEK_END);
fprintf(p, " %d %d",1,6);
fflush(p);
fclose(p);
}