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SNP の表と、対応する遺伝子に関する情報があります: 遺伝子 ID、遺伝子タイプ、遺伝子名:

          SNP            Gene ID         Gene type      Gene Name
1    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
2    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
3    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
4    rs10876864 ENSG00000123411.10    protein_coding          IKZF4
5   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
6   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
7   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
8   CNVR2845.57  ENSG00000196126.6    protein_coding       HLA-DRB1
9     rs6030897  ENSG00000201372.1             snRNA             U6
10    rs6030897  ENSG00000201372.1             snRNA             U6
11    rs6030897  ENSG00000201372.1             snRNA             U6

SNP の総数の棒グラフをプロットして、SNP のうちのいくつが protein_coding や snRNA などであるかを確認したいと考えています。

これまでの私のコードは次のとおりです。

barplot(as.matrix(data1), main="SNP", xlab="Gene type", ylab= "Total SNP",     names.arg=c("protein_coding","snRNA","pseudogene","antisense","lincRNA",""), border="blue", density=c(10, 20, 30, 40, 50))

しかし、次のようなエラーが表示されます。

Error in barplot.default(as.matrix(data1), main = "SNP", xlab = "Gene type",  :      incorrect number of names
In addition: Warning messages:
1: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
2: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
3: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
4: In apply(height, 2L, cumsum) : NAs introduced by coercion
4

1 に答える 1

0
  1. 4 つの列があり、5を指定します names.arg
  2. 密度についても同じですが、これだけではエラーにはなりません...

  3. barplotと呼ばれるの最初の項目は、次のようheightに?barplotなります。

    height
    プロットを構成するバーを表す値のベクトルまたは行列。height がベクトルの場合、プロットはベクトルの値で指定された高さを持つ一連の長方形のバーで構成されます。height が行列で、beside が FALSE の場合、プロットの各バーは高さの列に対応し、列の値はバーを構成する積み上げられたサブバーの高さを示します。height が行列で、beside が TRUE の場合、各列の値は積み上げではなく並置されます。

文字列がありますが、何を期待していましたか :-) ? データをプロットする前に、いくつかの要約統計を行う必要があります...次のようなもの

barplot(table(df$Gene_type, df$SNP))

しかし、他の多くのより良い方法と、明らかにggplot2それを自動的に実行できるパッケージを確認することをお勧めします。

于 2013-06-20T10:05:44.740 に答える