Windows Server が.htaccessに従わないと思います。webconfigファイルで同じロジックを定義してみてください。まず、Web サイトのルートである public フォルダーを持つように指示する必要があります。そして、このフォルダー内で、このweb.configを試してください
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<configuration>
<system.webServer>
<defaultDocument>
<files>
<clear />
<add value="index.php" />
<add value="default.aspx" />
<add value="Default.htm" />
<add value="Default.asp" />
<add value="index.htm" />
<add value="index.html" />
</files>
</defaultDocument>
<handlers accessPolicy="Read, Execute, Script" />
<rewrite>
<rules>
<rule name="Imported Rule 2" stopProcessing="true">
<match url="^(.*)$" ignoreCase="false" />
<conditions logicalGrouping="MatchAll">
<add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsFile" ignoreCase="false" negate="true" />
<add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsDirectory" ignoreCase="false" negate="true" />
</conditions>
<action type="Rewrite" url="index.php/{R:1}" />
</rule>
</rules>
</rewrite>
</system.webServer>
</configuration>
幸運をお祈りしています