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そこで、domain.xml にカスタム参照を作成しました。

<custom-resource res-type="java.lang.String" jndi-name="jndi/myResource" factory-class="org.glassfish.resources.custom.factory.PrimitivesAndStringFactory">
        <property name="value" value="myValue"/>
</custom-resource>

@Resource(lookup = "jndi/myResource")@ApplicationScoped Bean でそれを参照します。

また、承認されたディレクトリ（承認された-api.jarを含む）でサーバーを起動しています。それでもリソースを参照すると、null が注入されたりスローされたりしません。

すべてが正しくセットアップされているように見えますが、ここで何が欠けているのかわかりません。はい、Meta-inf ディレクトリにも beans.xml があります。

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