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サポートされていない生物の R で遺伝子オントロジー マッピングを生成するために GOFrame オブジェクトを生成しようとしています ( http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdfを参照)。

ただし、文字通り指示に従っても役に立ちません。これが私が実行するコードです（ubuntu koala 64ビットのR 2.9.2）

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

ただし、データフレームを goFrame オブジェクトにマップしようとすると、この間違いが発生します

Error: could not find function "GOFrame"

GOFrame ラッパーが AnnotationDBI ライブラリにあると確信しているので、困惑しています。どんな助けでも大歓迎です:-)

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それはあなたのRバージョンだと思います。GOFrame ラッピングは、最新のリリース以降、バイオコンダクタ AnnotationDBI でのみサポートされると説明されています。

試してみたところ、R 2.10.0で動作します

楽しみ！

于 2009-11-12T12:53:02.087 に答える
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パッケージの説明に従って、パッケージGo.dbは依存ではなく提案のみです。したがって、単純な

 library(GO.db)

あなたがする必要があることのようです。

于 2009-11-12T12:53:26.127 に答える