Visual Studio 2005のWebサイトモデルと、VS2005 SP1で完全に提供されたWebアプリケーションプロジェクトモデルの違いを完全に理解していると思いますが、紛らわしいことに遭遇しました。
私が書いたWebアプリケーションプロジェクトがあります（コンパイルされたprojectname.dllと参照された.dllを含むbinフォルダーがあります）。しかし、ソリューションエクスプローラー内でプロジェクトを右クリックすると、[Webアプリケーションに変換]というメニュー項目が表示されることに気付きました）。それは私には意味がありません。
私はこのプロジェクトをVS2005の「Webサイト」ソリューションと比較し、それをWebアプリケーションプロジェクトに変換することを検討していました。不思議なことに、ソリューションエクスプローラーは、ここでは「Webアプリへの変換」に関連するものを何も提供していません。
「Webサイト」構造を適切な「Webアプリケーションプロジェクト」に自動的に変更するのに役立つものは何もないと私は結論付けています。私はそれがすべて手作業で行われなければならないと思います。App_Code内のファイルを1つ以上のクラスライブラリプロジェクトに再構成するなどのタスクは、手動で実行する必要があります。
歴史と違いについて多くのことが書かれていることはわかっていますが、「Webアプリへの変換」の提案が「間違った」モデルで行われているように見える理由を誰かが説明できます。変換が手動であることを確認してください。