CentOSを使用していますが、
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|robots\.txt|resources)
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
RewriteBase /var/www/html/site/
</IfModule>
しかし、同じ問題が発生して、index.php を使用したページは正常に動作しますが、index.php を削除すると動作しません...