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一連の 4 文字のすべての順列の配列を作成したいと考えています (4 種類のヌクレオチド塩基を A、C、G、T と呼びます)。プログラムは、順列の長さである k の値をユーザーに尋ねる必要があります。順列を取得できるところまで機能していますが、繰り返しのないものしか表示されません。これがプログラム、現在提供されている出力、および私が提供したい出力です。

import java.util.Arrays;
import TerminalIO.*;
public class Permute {
    static KeyboardReader reader= new KeyboardReader ();
    static int k= reader.readInt("Enter k-tuple");
    static void permute(int level, String permuted,
                        boolean[] used, String original) {

        if (level == k) {
            System.out.println(permuted);
        } else {
            for (int i = 0; i < 4; i++) {
                if (!used[i]) {
                    used[i] = true;
                    permute(level + 1, permuted + original.charAt(i), used, original);
                    used[i] = false;
                }
            }
        }
    }

    public static void main(String[] args) {
        String s = "ACGTACGTACGTACGTACGT";
        boolean used[] = new boolean[20];
        Arrays.fill(used, false);
        permute(0, "", used, s);
    }   
}

K 値に 2 を入力すると、次のようになります。

  • 交流
  • AG
  • で
  • カリフォルニア州
  • CG
  • CT
  • GA
  • GC
  • GT
  • TA
  • TC
  • TG

理想的には、次のように出力されます。

  • 交流
  • AG
  • で
  • AA
  • カリフォルニア州
  • CC
  • CG
  • CT
  • GA
  • GG
  • GC
  • GT
  • TA
  • TC
  • TG
  • TT
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3 に答える 3

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public class Permute {

    static String s = "ACGT";

    static void permute(int level, String prefix) {

        if (level == 0) {
            System.out.println(prefix);
            return;
        }
        for (int i = 0; i < s.length(); i++)
            permute(level - 1, prefix + s.charAt(i));
    }

    public static void main(String[] args) {
        int k = 4;
        permute(k, "");
    }   

}
于 2013-06-25T18:57:27.503 に答える
1 
ArrayList<ArrayList<String>> results= new ArrayList<ArrayList<String>>();

public static void main(String... args) {
    String[] letters= new String[] {"a", "t", "g", "c"};
    List<String> list= Arrays.asList(letters);

    for (int i=0; i<list.size(); i++) {
        ArrayList<String> startList= new ArrayList<String>();
        startList.add(list.get(i));
        permute(list, 2, startList);
    }

    //result lists of strings are saved in results
    for (ArrayList<String> result : results) {
        System.out.println(result);
    }
}

private static void permute(List<String> letters, int endLength, List<String> startList) {
    if (startList.size() >= endLength) {
        results.add(startList);
        return;
    }

    for (int i=0; i<letters.size(); i++) {
        ArrayList<String> newStartList= new ArrayList<String>(startList);
        newStartList.add(letters.get(i));
        permute(letters, 2, newStartList);
    }
}
于 2013-06-25T19:04:06.520 に答える