あなたが抱えている問題は、WordPress 書き換えシステムの仕組みが原因です。WordPress .htaccess は、WordPress ルート ディレクトリの index.php ファイルを介してすべてのリクエスト (実際には index.php を除いて存在しないもの) を送信します。index.php という名前のファイルに対して何らかのリクエストが行われた場合、それはルートの WordPress index.php を通じても送信されます。
簡単な解決策は、/subdirectory 内の index.php ファイルの名前を default.php に変更することです。ホスティングの設定によっては、それを行うだけで機能する場合があります。そうでない場合は、www.domain.com/subdirectory を www.domain.com/subdirectory/default.php にポイントする .htaccess に 301 リダイレクトを追加できます。
Redirect 301 /subdirectory http://domain.com/subdirectory/default.php
.htaccess ファイルは、public_html またはルート パブリック Web ディレクトリにあります。
( #16584 より)