私の R アプリケーションは、大きな txt ファイルから入力データを読み取ります。ファイル全体を一度に読み取るわけではありません。ユーザーは遺伝子の名前を指定し (一度に 3 つまたは 4 つ)、ユーザー入力に基づいて、アプリは適切な行に移動し、データを読み取ります。
ファイル形式: 32,000 行 (1 行に 1 つの遺伝子、最初の 2 列には遺伝子名などの情報が含まれます) 数値データ (10 進数) を含む 35,000 列。
read.table (filename, skip=10,000 ) などを使用して右の行に移動し、35,000 列のデータを読み取りました。次に、2 番目の遺伝子、3 番目の遺伝子 (最大 4 つの遺伝子) に対してこれを繰り返し、数値結果を処理します。
ファイルの読み取り操作には、約 1.5 ～ 2.0 分かかります。ファイル全体を読み取ってから、目的の遺伝子のデータを取得する実験を行っています。
これを加速する方法はありますか？遺伝子データを別の形式に書き換える（1 回処理）こともできますが、それが将来の読み取り作業を高速化するのであれば可能です。