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.m ファイルに関数を記述し、「実行」ボタンを押して実行しようとすると、関数は環境に設定されるだけでしょうか、それとも引数なしで実行されるのでしょうか?
関数が引数を取らない場合は、単純に実行されます。関数が引数を取り、GUI から実行しようとすると、使用するデフォルトの引数のセットを入力するように求められます。これらの引数は、将来スクリプトを実行する場合に使用されます。
これについては、Matlab のドキュメントhereで説明されています。