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私は、一種の遺伝的関連研究の検出力推定値を計算する Shiny アプリを持っています。ui.R は非常にシンプルで、server.R にはデータ フレームを提供する関数があります (いくつかのパラメーターがあるため、この関数を使用できないと思いreactiveます)。

Gist へのリンクはhereです。実行するには:

library(shiny)
shiny:: runGist('5895082')

アプリは見積もりを正しく計算しますが、それに関して 2 つの質問があります。

  • output$powTable最初の ? で、範囲内に含まれるすべての値を実際に表すことは可能sliderInput(n.cases)ですか? 範囲の2つの極端な値を表しているようにしか見えません...何が間違っていますか?

  • アプリの実行中にエラーが発生しました:

    Error: Reading objects from shinyoutput object not allowed.

関数からデータ(反応性?)を渡しf()てggplotにフィードするにはどうすればよいですか? 多くの試行錯誤の後、私は非常に迷っています。コードのどこでエラーが発生する可能性がありますか? 事前に多くの感謝を！

関数の元のコードはうまく機能します：（編集済み）

 f <- function(ncases, p0, OR.cas.ctrl, Nh, sig.level) {
num.cases <- ncases
p0 <- p0
Nh <- Nh
OR.cas.ctrl <- OR.cas.ctrl
sig.level <- sig.level
# Parameters related to sig.level, from [Table 2] of Samuels et al.
# For 90% power and alpha = .05, Nscaled = 8.5
    if (sig.level == 0.05){
A <- -28 # Parameter A for alpha=.05
x0 <- 2.6 # Parameter x0 for alpha=.05
d <- 2.4 # Parameter d for alpha=.05
    }
    if (sig.level == 0.01){
A <- -13 # Parameter A for alpha=.01
x0 <- 5 # Parameter x0 for alpha=.01
d <- 2.5 # Parameter d for alpha=.01
    }
    if (sig.level == 0.001){
A <- -7 # Parameter A for alpha=.001
x0 <- 7.4 # Parameter x0 for alpha=.001
d <- 2.8 # Parameter d for alpha=.001
    }
    out.pow <- NULL # initialize vector
for(ncases in ncases){
    OR.ctrl.cas <- 1 / OR.cas.ctrl # 1. CALCULATE P1 FROM A PREDEFINED P0, AND A DESIRED OR
    OR <- OR.ctrl.cas
    bracket.pw <- p0 / (OR - OR*p0) # obtained after isolating p1 in OR equation [3].
    p1 <- bracket.pw / (1 + bracket.pw)
    Nh037 <- Nh^0.37 # 2. CALCULATE NSCALED
    num.n <- num.cases*((p1-p0)^2)
    den.n <- (p1*(1-p1) + p0*(1-p0))*Nh037
    Nscaled <- num.n/den.n
    num.power <- A - 100 # 3. CALCULATE POWER
    den.power <- 1 + exp((Nscaled - x0)/d)
    power <- 100 + (num.power/den.power) # The power I have to detect a given OR with my     data, at a given alpha
    }
OR <- OR.cas.ctrl
out.pow <- data.frame(num.cases, Nh, Nscaled, p0, OR, sig.level, power)
out.pow
} 

mydata <- f(ncases=seq(50,1000, by=50), 0.4, 2.25, 11, 0.05)
mydata

library(ggplot2)
print(ggplot(data = mydata, aes(num.cases, power)) +
theme_bw() +
theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) +
labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") +
    scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) +
xlab("number of cases/controls") +
ylab("power") +
scale_x_log10() +
geom_line(alpha=0.8, size=0.2) +
geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black"))
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まず、n.cases一貫性のない名前を付けていると思います。それはn.cases時々、そしてncases他の時です。それは間違いですか？

とにかく、output$mydata()間違っています。アウトプットではありません。それはただあるべきです：

mydata <- reactive(f(input$n.cases,
  input$p0,
  input$OR.cas.ctrl,
  input$Nh,
  input$sig.level))

そして、それを実行するときは次のoutput$powHap()ようになります。

output$powHap <- renderPlot(
{
   print(ggplot(data = mydata(), aes(ncases, power)) + 
     theme_bw() + 
     theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) + 
     labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") +
     scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) +
     xlab("number of cases/controls") +
     ylab("power") +
     scale_x_log10() +
     geom_line(alpha=0.8, size=0.2) +
     geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black"))
})

重要な部分は、次のことを行う必要があることです。

data = mydata()

それよりも

data = output$mydata

output$mydata（リアクティブ）関数であるためです。

リアクティブの仕組みに関するドキュメントを読むことをお勧めします。後で全体がもっと理にかなっているはずです。ちなみに、非常に再現可能な例の場合は+1。これは、すべての質問を投稿する方法です。

于 2013-07-01T13:44:31.783 に答える