私はサバイバルパッケージを使用してRで成層コックス回帰を行っています:
cox <- coxph(response~strata(x), data=data)
これは問題なく動作しますが、sampling パッケージを使用すると、survival パッケージのストラタ関数が非表示になり、直接使用できなくなります。
ただし、明示的な名前空間で呼び出してsurvival::strataも層別分析は作成されません。
library(survival)
# sample data
mort28day <- c(1,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,1,1,0,1,0,0,1,0,1,1,1,1,0,1,1,1,0,0,1)
daysurv <- c(4,29,24,29,29,29,29,19,29,29,29,3,9,29,15,29,29,11,29,5,13,20,22,29,16,21,9,29,29,15)
levo <- c(0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
acbi30 <- data.frame(mort28day, daysurv, levo)
# create survival object
test.Surv <- Surv(acbi30$daysurv, acbi30$mort28day)
test.surv_fit_1 <- survfit(coxph(test.Surv~strata(levo), data=acbi30))
test.surv_fit_2 <- survfit(coxph(test.Surv~survival::strata(levo), data=acbi30))
そう、
test.surv_fit_1$strata
# levo=0 levo=1
# 12 3
test.surv_fit_2$strata
# NULL
これはなぜですか、また、この機能が非表示になっているときにこの機能にアクセスするにはどうすればよいですかsampling::strata(サンプリング パッケージをデタッチする以外に ;-)
Rバージョン2.15.2を使用しています
ありがとう、デルタカッパ
アップデート：
私が行ったサンプリングパッケージと一緒にsurvival::strataを使用するための回避策として
library(survival)
library(sampling, pos="package:base")
これにより、基本パッケージのすぐ上に検索優先度の低いサンプリング パッケージが読み込まれます。それから私はすることができます
coxph(test.Surv~strata(levo), data=acbi30)
sampling::strata明示的に呼び出している間。