エラーはスローされません。正確なパスを指定すると機能しますが、単に「output.csv」と言うだけでは機能しません
ResultSet rs = statement.executeQuery("select * from geninfo");
                try {
                    CSVWriter writer = new CSVWriter(new FileWriter(new File("output.csv")));
                    writer.writeAll(rs, true);
                    writer.flush();
                    writer.close();
                } catch (IOException ex) {
                    Logger.getLogger(SQLite.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
                }