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import regex,re


sequence = 'aaaaaaaaaaaabbbbbbbbbbbbcccccccccccc' #being searched
query = 'aaabbbbbbbbbbbbccc' #100% coverage
query_1 = 'aaaabbbbbbbbcbbbcccc' #95% coverage
query_2 = 'aaabbbbcbbbbbcbccc' #90% coverage

threshold = .95
error = len(query_1) - (len(query_1)*threshold) #for query_1 errors must be <= 1

print regex.search(query_1 + '{e<={}}'.format(error),sequence).group(0)

正規表現検索に追加のパラメーターを追加しようとしているので、クエリの特定の割合が順番に検索されている場合にのみ機能します。

たとえば、少なくとも 95% のカバレッジが必要な場合は機能しますquery_1が、機能しません。query_2

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