現在のフォルダーにレポートを生成する実行可能ファイルがあります。レポートを生成した後、それを別のフォルダーに移動する必要があります。
start /WAIT /B "" "C:\Generator.exe"
for /R "C:\" %%f in (*.xlsx) do copy "%%f" "C:\ABC"
Del /Q "C:\*.xlsx"
問題は、バッチ ファイルの 2 行目と 3 行目が最初の行が終了する前に実行されることです (.exe がまだ実行されているため、.xlsx ファイルが存在しないというメッセージが表示されます)。