はい、crontab 形式を作成するのはそれほど難しくなく、ファイルは単純な ascii であるため、それらを操作するためにエキゾチックな API は必要ありません。
主な問題は、おそらく手動編集への干渉です。これは、コメント ブロックを crontab ファイルに統合することで解決できます。これにより、実際のユーザーがコメントの下のジョブをいじってはならないことが明確になります。アプリが crontab ファイルを読み取るたびに、コメント ブロックの下にあるすべてのものを安全に削除して再作成できます。
56 9 * * * /some/path/to/some/manually/executed/script
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# ALL JOBS AFTER THIS LINE IS MANAGED BY MYSUPERAPP. NO MANUAL MODIFICATIONS !
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56 9 * * * /some/path/to/thefirst/database-extracted/script
ps: crontab ファイルを直接いじる誘惑に抵抗してください。常に crontab ユーティリティを使用して、cron デーモンを混乱させないようにしてください。