これがアルファ版であることはわかっていますが、これはバグではなく設定だと思います。textmate ファイル マネージャーでファイルを削除すると、ファイルは削除されますが、プロジェクト内に赤い「X」が表示されたままになります。下の画像を参照してください。
ファイルシステムをチェックしましたが、そこにはありません。また、git をコミットして、変更を github リポジトリにプッシュしました。
何か案は？
編集
Textmate メーリング リストに相互投稿されました。これまでのところ回答はありません。 http://textmate.1073791.n5.nabble.com/Textmate-2-Alpha-and-deleting-files-td26669.html
解決
danodonovan の提案に従って、git の問題を調べました。git statusでファイルが表示され、最終的にコミットされたことがわかりました。
これはうまくいきませんでした：
$ git add .
$ git commit -m "message"
$ git push origin master
これはうまくいきました：
$ git commit -a -m "message"
$ git push origin master
-a -m は最初の一連のコマンドと同義だと思いました。いずれにせよ、問題は解決され、Textmate の問題ではなく、コミットされていない削除でした。これは理にかなっています。danodonovanさん、ありがとうございます。