このリンクhereによると、下と同様の回答を書きました。ソリューションを記述するためのより一般的でコンパクトな方法があるかどうか疑問に思いますか?
$multi_d = array();
$read_conf = parse_ini_file($filename);
foreach( $read_conf as $keys => $value)
{
$temp =& $multi_d;
foreach(explode( '.', $keys) as $key)
$temp =& $temp[$key];
$temp = trim( $value);
}