私は最近、Ubuntu で FatFree をかなり頻繁に使用しており、サブディレクトリに配置しても問題はありませんでした。ただし、最近、Mac (10.6.8) のユーザー Web サイトでこれを実行しようとしたところ、ルーティングが機能するために RewriteBase が必要になるという問題に遭遇しました。
Ubuntu のデフォルトの Apache セットアップで .htaccess に RewriteBase がなくてもルーティングが機能するように見える理由を誰かが知っているかどうか疑問に思っていましたが、Mac でのセットアップではそれが必要になります。
Ubuntu のセットアップでは多数の VirtualHosts を使用しますが、Mac の構成にはサーバー構成、mod_userdir が有効化され、各ユーザーの Sites ディレクトリのディレクティブが含まれているだけです。