プログラムへの入力が
graph G {
  e
  subgraph clusterA {
    a -- b;
    subgraph clusterC {
      C -- D;
    }
  }
  subgraph clusterB {
    d -- f
  }
  d -- D
  e -- clusterB
  clusterC -- clusterB
}
予想される最終結果 (D3 を使用) は -> http://graphviz-dev.appspot.comで確認できますが、この例http:/ /www.graphviz.org/content/fdpclust